Linkkihakemisto on listaus linkeistä. Linkkejä voidaan listata monen eri kriteerin perusteella. Yleisimmin linkit jaotellaan aiheauleisiin linkitettävän sivun perusteella. Päätason aihealueet voivat jakaantua vielä lukuisiin alakategorioihin, joista esim. Dmoz.org on hyvä esimerkki. Dmozin hakemistossa on listattuna yli 4,7 miljoonaa sivustoa yli miljoonassa eri kategoriassa.
Dmoz.org on niin luotettava linkkihakemisto, että jopa Google luottaa sen kuvausteksteihin. Google saattaa poimia Dmoz:n hakemistossa olevan kuvaustekstin ja näyttää sen hakutuloslistauksissa jos jollakin sivustolla ei ole omaa kuvaustekstiä (meta description).
Google ei itsessään ole linkkihakemisto, koska jotain löytääkseen pitää ensin syöttää hakusana jonka jälkeen saa nähtäväkseen hakutuloksia. Wikipedian taas voi käsittää eräänlaisena linkkihakemistona, koska sieltä kuitenkin johtaa linkkejä ulospäin. Pääasiassa Wikipedia tietysti on tietosivusto (tietosanakirja), mutta sen laadukas sisältö ja runsas linkkimäärä antaa mahdollisuuden kategorisoida sen myös linkkihakemistona.
Internetin alkuaikoina, tai oikeastaan www:n alkuaikoina 1990-luvun alkupuolelta aina 90-luvun loppuun, linkkihakemistot olivat tärkeä osa Internetiä. Hakukoneet olivat tuolloin hitaita, aikansa suosituimman hakukoneen, Altavistan, hakutulosten etsiminen saattoi viedä monta sekuntia mikä nykyään olisi täysin mahdoton ajatus. Lisäksi hakutulokset olivat usein huonoja, koska hakukoneiden hakualgoritmit olivat varsin kehittymättömiä. Ne saattoivat päätellä jonkun sivun merkityksen hakutermille vaikkapa sillä perusteella, kuinka monesti tuo termi toistettiin sivulla. Tämä johti siihen, että sivujen lopussa oli pitkiä pätkiä noita oleellisia hakutermejä ja siitä huolimatta sivun sisältö saattoi olla jotain aivan muuta. Linkkihakemistoissa linkkien takana olevat sivustot tarkistettiin manuaalisesti ja tämä takasi ainakin periaatteessa sivustojen laadun kävijöille.
Nykyään (2010) linkkihakemistojen merkitys on vähentynyt huippuvuosistaan. Nykyäänkin linkkihakemistoilla on toki paikkansa, varsinkin erilaisten pienenpien niche-alueiden sisällä jossa uuden harrastajan on vaikeaa ottaa selvää, mitkä sivustot ovat laadukkaita ja luotettavia.